Para perwira TNI-Polri yang dituduh melakukan tindak pelanggaran HAM di Suai Timor-Timur oleh Pengadilan Negeri Jakarta Pusat di vonis bebas dari seluruh dakwaan. Vonis bebas para terdakwa kasus Suai tersebut tertuang dalam keputusan Majelis Hakim Pengadilan Ad Hoc Nomor : 03/HAM/Tim-Tim/02/2002 tanggal 15 Agustus 2002 yang memutuskan bahwa para terdakwa dinyatakan tidak terbukti bersalah melakukan perbuatan sebagaimana didakwakan dalam seluruh dakwaan Jaksa Penuntut Umum Ad Hoc, oleh karenanya para terdakwa dibebaskan dari segala dakwaan Jaksa Penuntut Umum Ad Hoc. Para perwira yang di vonis bebas tersebut masing-masing Kolonel Inf Drs. Herman Sedyono mantan Bupati KDH Tk II Kovalima, Kolonel Inf Liliek Koeshadianto mantan Dandim Suai, AKBP Gotot Subiaktoro mantan Kapolres Suai, Mayor Inf Syamsudin mantan Kasdim Suai dan Mayor Inf Sugito mantan Danramil Kota Suai. Brigjen Pol Drs. GM. Timbul Silaen mantan Kapalda Timtim juga diputuskan bebas dari segala dakwaan pada tanggal 13 Agustus 2002. Sedang mantan Gubernur Timtim Abilio Osorio Soares perkaranya juga sudah diputus dan dinyatakan bersalah dijatuhi pidana penjara 3 (tiga) tahun . Sementara kasus lainnya seperti kasus penyerangan gereja Liquisa dengan terdakwa Letkol Inf. Asep Kuswani dan Letkol Infl. Yayat Sudrajat, kasus penyerangan rumah Manuel Carascalao dengan terdakwa Letkol Inf Endar Priyanto, kasus penyerangan Diosis Dili dengan terdakwa Letkol Inf. Sudjarwo, kasus pertanggung jawaban atas terjadinya pelanggaran HAM Timtim A.n. Mayjen TNI Adam Rahmat Damiri, Brigjen TNI Tono Suratman dan Brigjen TNI M. Noer Muis sampai saat ini perkaranya masih disidangkan. Mengenai kasus terbunuhnya wartawan Belanda Robert Sander Thoenes di Becora Dili tanggal 21 September 1999 yang diduga melibatkan kesatuan Yonif 745, tapi setelah penyelidikan oleh Kejaksaan Agung RI, hasilnya ternyata tidak terbukti ada keterlibatan anggota TNI. Oleh karena itu penyedikan kasus tersebut dihentikan.