Perubahan penomoran ini merupakan upaya untuk mempermudah penyebutan Lantamal yang disusun mulai dari wilayah Barat ke wilayah Timur, sedangkan tugas pokok dan fungsinya tidak mengalami perubahan. Perubahan nomor Lantamal tersebut diresmikan oleh Kasal Laksamana TNI Slamet Soebijanto, bersamaan dengan peresmian Lanal Padang menjadi Lantamal II Padang.

Khusus untuk wilayah Timur, Pangarmatim Laksda TNI Waldi Murad telah memerintahkan para Komandan Lantamal untuk menyiapkan diri melakukan perubahan fisik dan administrasi, seperti papan nama, stempel, kop surat dan lainnya. Secara lengkap perubahan penomoran itu digunakan mulai 1 Agustus 2006 dimulai dari Lantamal I Belawan (Sumut) yang nantinya akan direlokasi ke Lhokseumawe (NAD), Lantamal II yang asalnya untuk Jakarta menjadi Lantamal Padang (Sumbar). Lantamal III yang asalnya untuk Surabaya menjadi sebutan untuk pangkalan di Jakarta, Lantamal IV yang dulunya di Makassar menjadi sebutan untuk Tanjung Pinang (Kep. Riau). Lantamal Tanjung Pinang nantinya akan direlokasi ke Mempawah (Kalbar).

Lantamal V yang dulunya untuk Jayapura (Papua) akan menjadi sebutan untuk Surabaya, Lantamal VI yang dulu di Bitung (Sulut), akan menjadi sebutan untuk Makassar (Sulsel). Lantamal Makassar nantinya akan direlokasi ke Tarakan (Kaltim). Lantamal VII yang dulunya di Tanjung Pinang akan menjadi sebutan untuk Lantamal Kupang (NTT), Lantamal VIII Ambon (Maluku) akan digunakan untuk sebutan Lantamal Manado di Bitung, Lantamal IX yang sebelumnya digunakan untuk Kupang digunakan untuk Lantamal Ambon. Untuk Jayapura akan menggunakan sebutan Lantamal X dan Lanal Merauke yang kini masih dalam persiapan untuk penarikan status menjadi pangkalan tipe A kemungkinan akan menjadi Lantamal XI Merauke.